Зимняя школа, как правило, носит более утилитарный характер по сравнению с летней и служит в основном для подготовки учащихся к областным предметным олимпиадам, а также к поступлению в ВУЗы учащихся выпускных классов.
Если летом захватывается обширный материал высшей математики и синергетики, выходящий далеко за пределы школьной программы, то зимой разрабатывается в основном материал областных и зональных олимпиад и вступительных экзаменов в МФТИ и МГУ прошлых лет. Специфика этого материала не позволяет использовать интенсивные методы в полном объеме, однако ряд их важных принципов активно используется.
Методы преподавания и содержания учебников летней и зимней школ динамично развиваются. Ведется работа с преподавателями, происходит активный обмен опытом с ведущими образовательными центрами, ВУЗами, частными и государственными школами.
В ближайшие несколько лет планируется существенно расширить учебную деятельность, более активно используя современные Интернет-технологии, завершить разработку интенсивного курса и опубликовать дидактические материалы для летней школы, расширить деятельность научного общества, привлекая новых учащихся.
Отдельной важной целью является попытка интеграции в систему обучения гуманитарных дисциплин, которые должны гармонично дополнить уже интегрированные дисциплины естественнонаучного профиля, основываясь на единых общенаучных синергетических началах.