Наибольшее значение для понимания текста учебника по естественнонаучным дисциплинам имеют формально-логические, содержательно-логические и структурно-функциональные связи.

Формально-логические связи обеспечивают связь между отрезками текста, прежде всего при выводном знании. Очень важно, чтобы все цепочки рассуждений были дидактически выявлены. Например, как сделать разбор слова по составу? Нередко в учебниках при выводе какого-либо утверждения стоят слова «очевидно», «легко доказать», «значит». Учеников это очень раздражает, ибо для них часто не очевидно то, что «очевидно» для автора учебника.

Содержательно-логические связи собственно и обеспечивают логику развертывания текста. Они связывают между собой отдельные предложения, абзацы и подпараграфы. Это связки типа: «на основании изложенного можно заключить»; «судя по... можно сказать»; «исходя из... можно утверждать»; «к этому вопросу мы обратимся ниже (в §...)»; «как мы уже отмечали выше, в §...»; «приведем некоторые примеры»; «проиллюстрируем сказанное»; «примером... может быть» и т. п.

Анализ лучших учебников показывает, что в них употребляется много разнообразных слов и словосочетаний, играющих роль связок. Так, в учебнике «Химия-10» параграф «Предпосылки теории строения» размером меньше листа содержит около тридцати подобных выражений: «мы постоянно руководствовались», «мы будем опираться», «присмотримся теперь», «мы отметили» и т. п.

Структурно-функциональные связи — связи между однородными и разнородными элементами совокупности знаний. Они обеспечивают целостность системы знаний в сознании школьника, Речь идет о связях между: основными понятиями и законами, формулируемыми в терминах этих понятий; научным фактом и его характеристиками; фактами и постулатами, в которых проявляется видение ученым эмпирического материала; законом и понятием, введенным с помощью этого закона; постулатами и следствием.

Формирование структурно-функциональных связей в сознании школьников — большая проблема. Сами собой на базе фактического материала эти связи в сознании учащихся не возникают. В учебнике они должны быть даны открытым текстом, путем указания на статус различных утверждений, включения методологических знаний, раскрытия роли того или иного вида знания в познании.

В действующих учебниках эти связи раскрыты наиболее слабо. Статус знания иногда выделяется в учебниках словами: «основные положения», «следствие», «основное понятие» или просто «определение».