Школу № 2 в целом отличали: высокий научный уровень преподавания, разнообразие методов и форм обучения, демократические отношения учителей с учениками. 

При общей позиции почти всех учителей у каждого был свой, индивидуальный почерк, и администрация, которую до 1971 года возглавлял талантливый педагог и организатор Владимир Федорович Овчинников, это поощряла. Одной из ведущих задач обучения педагогический коллектив считал формирование научного и творческого мышления учащихся.

В старших классах преобладала лекционно-семинарская система. По некоторым курсам лекции читали профессора МГУ и физико-технического института. Вместе с профессорами на занятия ходили преподаватели школы. Последние были обязаны знать предмет до такой степени, чтобы затем на уроках и семинарах развивать то содержание, которое излагалось профессором, и добиваться его усвоения.

Семинары проводили также студенты МГУ, многие из которых были выпускниками школы. Зачеты, как правило, принимали учителя разных классов — с той целью, чтобы учащиеся привыкали к различной постановке вопросов и множественности точек зрения.

В школе было много факультативов, в том числе гуманитарного профиля. Старшеклассникам читались лекции о поэзии, работал киноклуб. Ученики называли свою школу «физико-математической с гуманитарным уклоном».