Первый в городе институт создан 3 июля 1914 года. Тогда он назывался Уральский горный институт императора Николая II (сейчас носит название Уральский государственный горный университет). Первый университет появился в Екатеринбурге после  19 октября 1920 года - Уральский государственный университет имени А. М. Горького.

По уровню квалификации выпускников вузы региона являются одними из лучших в России, например по количеству выпускных кадров, представляющих современную управленческую элиту России, вузы Екатеринбурга уступают только вузам Москвы и Санкт-Петербурга. Ныне в городе расположены 20 гос. вузов, суммарно в которых обучается более 150 тысяч студентов. Это:
Уральский государственный горный университет;
Уральский государственный университет имени А. М. Горького;
Уральский государственный технический университет - УПИ имени первого Президента России Б. Н. Ельцина;
Уральский государственный экономический университет;
Российский государственный профессионально-педагогический университет;
Уральский государственный педагогический университет;
Уральский государственный лесотехнический университет;
Уральский государственный университет путей сообщения;
Уральская государственная медицинская академия;
Уральская государственная юридическая академия;
Уральская государственная сельскохозяйственная академия;
Уральская государственная архитектурно-художественная академия;
Уральская академия государственной службы;
Уральский технический институт связи и информатики;
Екатеринбургский государственный театральный институт;
Уральский юридический институт МВД России;
Екатеринбургский военный институт;
Уральский институт Государственной противопожарной службы МЧС России;
Екатеринбургская академия современного искусства;
Уральская государственная консерватория им. М. П. Мусоргского.

В 2005 году благодаря губернатору области Э. Э. Росселю разрабатывается проект Большого Евразийского Университета (БЕГУ), который предусматривает объединение 13 лучших вузов города и 10 НИИ УРО РАН, а также создание технопарков, административно-информационного центра, включающего все необходимые модули. В ходе проектирования в генеральном плане Екатеринбурга был выделен участок 1,5 тыс. га в районе Шарташа. Но в декабре 2008 года объявлено о закрытии проекта и формирования на его базе наработок проекта Уральского федерального университета.